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2020-01-31 16:01
不管疫情先写论文?这是中国CDC的回应

本文来自公众号:量子位(ID:QbitAI),作者:十三、郭一璞,原文标题《CDC回应“不管疫情先写论文”:12月人传人是基于数据反推,论文是向社会公布信息后才写的》


不管疫情,忙着发论文?


1月29日,中国疾控中心(CDC)在《新英格兰医学杂志》发了一篇名为《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的论文。



这份期刊2018年的影响因子是70.670,可以说是医学期刊最高峰,碾压影响因子59.102的《柳叶刀》。


不过,论文一发表,CDC就被各界声讨,不少人觉得它们早就发现了问题,不忙着控制疾病先发论文给自己的简历贴金。


到了今天早上,被舆论追到风口浪尖的中国疾控中心(CDC)回应了。


CDC说,论文里的数据分析一出来,还没写论文,就已经向社会公布了,而“12月就人传人”这个判断,是基于后来的数据和资料反推回去的。


换句话说,CDC说并没有向社会隐瞒疫情。



回应全文如下:


中国疾病预防控制中心关于在新英格兰医学杂志发表文章的说明


2020年1月29日,中国疾病预防控制中心、湖北省疾病预防控制中心等单位有关专业人员共同在新英格兰杂志发表了题为《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的论文,有网友提出质疑。现将有关情况说明如下:


一、论文是根据截至2020年1月23日上报的425例确诊病例(包括15名医务人员)所做的回顾性分析,所有病例在论文撰写前已向社会公布。论文中提及的15名医务人员感染病例,分别由国家卫健委高级别专家组组长钟南山院士于1月20日晚、武汉市卫健委于1月21日凌晨向社会公布。


二、论文提出的“2019年12月份即在密切接触者中发生了人际传播”的观点,是基于425例病例流行病学调查资料做出的回顾性推论。


三、论文是由来自中国疾病预防控制中心、湖北省疾病预防控制中心、香港大学等十几个单位的专业人员共同完成。


四、及时在学术刊物发表调查结果,有助于国内外专业同行及时了解疾病的特征,共同评估和研判疫情,改进防控策略。


感谢各位网友的关心和支持,欢迎对我们的工作进行监督。


中国疾病预防控制中心2020年1月31日


从这篇发表的论文来看,文章确实简短,不需要太长的撰写时间。


另外,从事病毒研究的科学家们毕竟也无法直接推动决策部门早采取严格措施。


中国疾控中心流行病学首席科学家曾光在接受《环球时报》总编辑胡锡进采访时表示,武汉此次面对疫情行动有些慢主要是科学认识的问题,但也不排除一些决策上的犹豫,公共卫生人员的决策考虑的就是科学性的问题,是一个科学的视角,但政府官员考虑问题并不单纯是科学的视角,这只是他们决策依据的一部分。



当然,这篇论文中也说明了许多重要的问题,注意,所有的结论都是在截止到1月4日的数据上得出的:


1、去年12月已经出现了人传人现象。


2、测得R0值为2.2,也就是说平均1个病人会传染给2.2个人。


3、武汉采取了控制措施,其他地方要防止重蹈武汉覆辙。当然,从我们站在1月末的时间点来看,其他地方还远没有武汉那么严重。


4、疾病发现早,2天内病人们就会去医院,但隔离难,发病5天才能住院。


5、医疗工作者这次没有非典和MERS那么惨,感染的比例稍低;儿童可能不易感或症状较轻。


这些问题是怎样发现的?我们来复盘一下整个研究过程。


如何检测?


数据来源


最早的病例是由一个叫做“病因不明肺炎”的检测机制所确定。


它被定义为一种没有病因病原体的疾病,符合以下标准:


发热(≥38°C);肺炎的影像学证据;白细胞/淋巴细胞计数低;按照标准临床指南进行抗菌治疗3天~5天后没有症状改善。


发现肺炎病例后,为了提高早期检测的灵敏度,于2020年1月3日应用下述病例定义制定了监测方案,从而识别潜在病例。


发现疑似病例后,现场流行病学联合团队(由来自中国疾病控制预防中心[中国CDC]以及省、市和县CDC的成员构成)将收到通知启动详细的现场调查,并收集呼吸道标本,之后在位于北京的中国CDC病毒病预防控制所集中检测。


由中国CDC和当地CDC工作人员构成的联合团队对所有2019-nCoV疑似和确诊病例进行了详细的现场调查。


通过对感染者、亲属、密切接触者和医务人员进行访谈的方式将数据收集到标准化表格中,收集了有关发病日期、就诊日期、住院日期和临床结局的信息。


研究者对每例感染患者及其亲属(如有必要)进行了访谈,以此来确定发病前2周期内的暴露史,包括暴露于任何野生动物(特别是据称武汉华南海鲜批发市场出售的动物)的日期、时间、频率和模式,以及任何相关环境(例如华南海鲜批发市场或其他生鲜市场)的暴露史。


除此之外, 还收集了与其他类似症状患者接触的信息。在现场调查期间收集的所有流行病学信息(包括暴露史、事件时间线和密切接触者的确定)都与多个来源的信息进行了交叉核对。


也对患者发病前2周内曾去过的家庭和地方做了调查。


数据一式两份录入中央数据库,并使用EpiData软件(EpiData Association)进行核对。


病例定义


对于NCIP疑似病例,目前采用的初步病例定义是基于2003年和2012年世界卫生组织(WHO)建议的SARS和中东呼吸综合征(MERS)病例定义。


NCIP疑似病例的定义为符合上述全部四条标准的肺炎病例,或者符合前三条标准并且与华南海鲜批发市场有流行病学关联,或者接触过其他类似症状患者的肺炎病例。


2020年1月18日,在获得关于确诊病例的新信息之后,更新了用于定义疑似病例的流行病学标准:


在发病前14天内曾到武汉旅行,或与来自武汉且有发热或呼吸道症状的患者直接接触。


对于确诊病例的定义,是在采用下面所述3种方法中的一个,并在呼吸道标本中检测出2019-nCoV阳性:


分离出2019-nCoV;实时逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)至少有两次显示2019-nCoV阳性;检测出与2019-nCoV匹配的基因序列。


实验室检测


2019-nCoV的实验室检查是基于之前WHO的建议。


取患者上、下呼吸道标本。提取RNA,使用2019-nCo特异性引物和探针进行实时RT-PCR检测。


检测分别在湖北省CDC和中国CDC病毒病预防控制所的生物安全二级实验室中进行。


如果两个靶点经特异性实时RT-PCR检测呈阳性,则视为实验室确诊。循环阈值(Ct值)<37被定义为阳性,≥40被定义为阴性。中等载量(定义为Ct值为37~<40)需要进行复测确诊。如果复测Ct值小于40且观察到明显的峰值,或者复测Ct值小于37,则认为复测结果为阳性。


确诊患者中位年龄59岁,平均潜伏期5.2天


在新型冠状病毒疫情发展过程中,病例数量呈指数增长,最近几天的曲线下降可能是由于近期发病的病例未得到充分确认,以及病例识别和报告时间的延迟,而非发病率的真正拐点。


△图1:武汉市首批425例新型冠状病毒感染肺炎确诊病例的发病情况


具体而言,曲线后半部分并不表示新发病例数量减少,而是由于截止日期前的病例确认有所延迟。


大多数最早的病例均报告了华南海鲜批发市场暴露史,但从12月底开始,与该市场不相关的病例数量呈指数增长。


患者的中位年龄为59岁(范围:15~89岁),425例患者中有240例(56%)为男性。没有任何病例是15岁以下儿童。


还对三个时间段的病例做了分析:


第一个时间段是1月1日(关闭华南海鲜批发市场的日期)前发病的患者;第二时间段是1月1日至1月11日(向武汉提供RT-PCR试剂的日期)期间发病的患者;第三个时间段是1月12日或之后发病的患者。


△ 表1:截至2020年1月22日,武汉市新型冠状病毒感染肺炎患者特征分析


发病较早的患者年龄略轻,男性比例较高,报告华南海鲜批发市场暴露史的比例明显较高。医务人员在病例中所占的比例在三个时间段逐步增加。


对10例确诊病例的暴露数据做了分析,估计平均潜伏期为5.2天(95%置信区间[CI],4.1~7.0);分布情况的第95百分位数为12.5天(95% CI,9.2~18),如图2.A所示。


△图2:事件发生关键时间的分布情况


除此之外,还获得了5个病例集群的信息,如图3所示。


根据这些集群中6对病例的发病日期,我们估计由一人传至另一人的平均(±SD)间隔时间分布情况为7.5±3.4天(95% CI,5.3~19),如图2.B所示。


在截至2020年1月4日的流行曲线中,传染病增长率为每天0.10(95% CI,0.050~0.16),倍增时间为7.4天(95% CI,4.2~14)。应用上述由一人传至另一人的间隔时间分布情况,估计R0为2.2(95% CI,1.4~3.9)


在1月1日之前发病的45例患者中,从发病至首次就诊的平均间隔期估计为5.8天(95% CI,4.3~7.5),与1月1日至1月11日期间发病的207例患者的数据相似,后者的平均间隔期为4.6天(95% CI,4.1~5.1),如图2.C所示。


在1月1日之前发病的44例患者中,从发病至住院的平均间隔期估计为12.5天(95% CI,10.3到~14.8),这一间隔期超过1月1日至1月11日期间发病的189例患者(均值,9.1天;95% CI,8.6~9.7),如图2.D。


由于近期发病和发病与就诊之间的间隔期较长的患者尚未检测出来,并未绘制1月12日或之后发病患者的分布曲线。


△图3:5个病例集群(包括16例病例)的详细暴露信息和发病日期。


数据意味着什么


根据前面的研究,论文作者们得出了几条重要的结论。


去年12月已经人传人


有证据表明自2019年12月中以来在亲密接触者之间已经发生了人与人之间的传播,之后的一个月,疾病逐渐传播扩散。


根据截止到1月4日的数据,武汉市大约每7.4天,肺炎病例的数量就增加一倍。


因此在武汉之外的其他城市,需要做出很大的努力来减少传播,防止新型冠状病毒肺炎大范围爆发,必须在有危险的人群中采取预防或减少传播的措施。


平均1个病人会传染给2.2个人


借助截至1月4日的数据,研究者们判断,这场疾病的R0值约为2.2。


R0值,也就是平均每个病人会把疾病传染给几个人,或者说平均一个肺炎病患会把疾病传染给2.2个人。


而只要R0值大于1,一种疾病就会蔓延起来,疾病的预防和控制,就是把R0降到1以下。SARS的R0值大概是3,后来靠隔离患者和小心谨慎的感染控制,SARS被控制住了。


而控制新兴冠状病毒肺炎的难点就在于需要隔离轻度感染者,而用于隔离病患和和亲密接触者的资源有限。


由于数据只到1月4日,之后武汉的人们的防疫意识增强、防控举措升级,传染能力有所下降。


但其他地区和其他国家病例依然在增加,疾病依然在蔓延。因此,研究者们建议,现在需要明确其他地方是否会重蹈武汉覆辙,避免发生和武汉一样强度的本地传播。


疾病发现早,难隔离


从这些数据看来,病人从发病都就医之间的间隔通常很短,27%的患者在出现发热症状2天内就去医院就诊了。


但是,等待住院的时间非常长,89%的患者要等发病第5天才能住院。


这些数据意味着,早期的患者难以识别、难以隔离,必须在门诊和急诊投入大量资源进行检测,主动发现病例,这是遏制局部扩散的重要策略。


医疗工作者没非典那么惨,儿童可能不易感


早期的病例中,儿童患者相对较少,425例病例几乎有一半是60岁以上患者,儿童可能不太容易被感染,或者即使感染了,症状也比较轻。


而在医疗工作者方面,被感染的比例没有SARS和MERS爆发时那么高。


除此之外,因为疫情早期的数据不够全面,人们的认识也不足,因此调查可能有局限性。


最后,为了帮助大家完整的判断疫情和研究进展,我们把颜宁教授参与的《返朴》团队整理的时间节点回溯图搬运如下:





大家可以判断一下研究的时间线和过程。


论文传送门:

Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia链接:https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316


本文来自公众号:量子位(ID:QbitAI),作者:十三、郭一璞

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