堪比“AlphaFold4”，DeepMind子公司发布全新药物发现AI模型

本文来自微信公众号： 深究科学 ，编译：潘展|，作者：深究科学，原文标题：《堪比“AlphaFold 4”，DeepMind子公司发布全新药物发现AI模型》

近日，谷歌DeepMind旗下的生物制药平台Isomorphic Labs正式发布了一份长达27页的技术报告，披露了其自主研发的全新药物发现引擎IsoDDE。

这款被业内顶尖科学家誉为“准AlphaFold4”的模型，凭借其在预测药物分子与蛋白质相互作用方面的惊人表现，再次刷新了行业上限，同时也因其“独家持有”的商业策略引发了学术界的广泛讨论。

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药物发现模型从开源走向专有的“里程碑”

与以往DeepMind开源模型（如AlphaFold2）详细阐述原理的做法不同，IsoDDE是一款企业专有技术。尽管对技术核心细节外界目前几乎一无所知，但根据公开信息显示，其核心突破点在于它对药物-蛋白质相互作用的精准预测。

在预测“结合亲和力”（即药物与蛋白质结合的牢固程度）这一关键指标上，IsoDDE的表现不仅优于目前的开源标杆Boltz-2，甚至超越了传统的、耗费巨大算力的物理模拟方法。

该模型最令科研人员惊叹的是其处理“陌生分子”的能力，即便对于与训练数据差异极大的分子，它依然能实现精准预测。哥伦比亚大学计算生物学家穆罕默德·阿尔库雷西（Mohammed AlQuraishi）指出，这种对迥异分子的精准预测意味着Isomorphic Labs研发出了极具创新性的底层技术。

该模型在预测抗体与其靶点相互作用方面也达到了业界顶尖水平，这对于年销售额数以百亿计的抗体疗法市场具有巨大的商业价值。

Isomorphic Labs总裁马克斯·贾德伯格（Max Jaderberg）坦言，公司不仅整合了公开数据和合成数据，还投入大量精力获取了制药行业的私有结构数据进行训练。这项突破是算力、算法与独特数据策略三者结合的产物。

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是行业动力还是技术黑盒？

对于IsoDDE的横空出世，贾德伯格希望能为其他研发药物发现人工智能模型的团队注入动力。对此，业内专家则持有复杂且多元的态度。

阿尔库雷西对IsoDDE给予了高度评价，称其为“里程碑式的突破”，意义堪比尚未发布的AlphaFold 4。但他也直言不讳地指出，由于该模型不公开技术细节，科研人员很难理解其背后的运行逻辑。

武田制药的计算结构生物学家迭戈·德尔·阿拉莫（Diego del Alamo）指出，Isomorphic Labs此前为了获取企业的私有结构数据付出了巨大努力，这让人怀疑其性能的提升究竟是源于“算法的创新”还是仅仅因为“喂了更多更好的数据”。

面对专有技术的封锁，开源社区Boltz-2的联合开发者加布里埃莱·科尔索（Gabriele Corso）则认为，尽管IsoDDE设定了新的行业基准，但专有数据并非这款工具取得报告中所述性能的关键因素。利用现有的公开数据，Boltz-2仍有巨大的优化和超越空间。

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Isomorphic Labs独具创新的地方在哪里？

Isomorphic Labs是2021年从Google DeepMind分拆、隶属于Google母公司Alphabet的AI药物发现公司，总部位于伦敦，由DeepMind创始人、诺奖得主Demis Hassabis兼任CEO。

它深度依托AlphaFold技术，与DeepMind联合研发并商业化应用AI药物设计模型。除了此次技术报告中所提及的版本，公司还研发了多款不同版本的IsoDDE，用于与合作企业的联合研发，这些版本皆整合了不同的数据源。

商业上，它在2025年完成6亿美元A轮融资。其已与强生、礼来、诺华等制药企业达成药物研发合作协议，相关协议的潜在价值高达数十亿英镑。该公司也拥有自主的研发管线，其首款AI设计药物已进入临床准备阶段，聚焦肿瘤与免疫疾病等难成药领域。

IsoDDE的出现不仅在科学界引发了震动，也标志着AI生物技术从“开源共享”向“闭环商业化”的一次重大转型，它证明了AI在药物研发领域的上限远未到来。

对于行业而言，这既是一次令人振奋的技术展示，也是一个信号：未来药物研发的胜负手，或许就藏在那些秘而不宣的“技术黑盒”之中。

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